ATCC菌种是从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究，药物的抑菌试验及药品微生物检验等都有一套完整的菌种菌种分为母种(一级种)、原种(二级种)和栽培种(三级种)三级。

　　工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。菌种的分离就是首先是从土壤或腐生植物中收集含菌样品，用无菌水稀释后，涂布于置有适宜细菌、放线菌或霉菌生长的琼脂培养基平皿上，并将其倒置于恒温箱中，培养一定时间，平皿上长出的许多单个菌落(单一微生物的集落)经分别分离后即为各种纯种菌株，简称纯种，移种至试管斜面培养基上，置4℃冰箱备用。

　　ATCC菌种的孢子分离法：

　　孢子分离法又可分为以下几种方法:

　　( 1 )褶上涂抹法:选取新鲜、健壮、未开伞、未破裂的子实体，洗净后用0 . 1 %升汞或75 %酒精表面灭菌2 分钟，然后连同培养基一起放入接种箱内，经福尔马林熏蒸消毒12 ~ 24 小时，再按无菌操作技术将接种环在子实体菌褶上涂抹，把涂抹后带孢子的接种环在培养基上划线接种，，zui后置于25 ~ 28 ℃恒温箱内培养，可得纯菌种。

　　( 2 )孢子印采集法:取灭过菌的载玻片、试纸或黑布，置于新鲜、未开伞或未开裂的子体菌褶的下方。经24 小时后，便落下孢子，形成印痕(即孢子印)。然后，用接种环或玻璃棒蘸取孢子，接种在平面或斜面培养基上，进行恒温培养，可得纯菌种。

　　( 3 )孢子收集器采集法:孢子收集器由玻璃钟罩、培养皿、三角架、搪瓷盘等组成。钟罩下为一搪瓷盘，直径25 厘米左右，盘内先垫衬4~6 层纱布，中央放1 副9 厘米直径的培养皿，大盖口朝下，上放小的，口向上。然后，在上面小的培养皿上放1 只铅丝绕成的三角架，再将带孔的玻璃钟罩盖上，顶上罩孔用棉塞塞好，zui后，用纱布包好整个孢子收集器，置于高压灭菌锅或蒸笼内灭菌2小时。

　　孢子收集器灭菌消毒后，放入无菌室或无菌箱内。然后，用小刀割取1 块4~5 厘米大小的子实体，插在收集器内的三角架顶上(若无孢子收集器，也可用培养皿代替)。再置于温度24 ~26 ℃下培养24 小时，培养皿中便可见到白色粉状物，此即为孢子。此时，可将孢子收集器再移至接种箱内，取出培养皿，盖好，并在培养皿内加入10 ~ 20 毫升的无菌水，使孢子散于本中，成为孢子悬浮液。然后，再用无菌打针筒或吸管吸取孢子悬浮液，接种于试管斜面培养基上，每管注2 ~ 3 滴。置于24 ~ 26 ℃温度下培养5 ~ 7 天，培养基上便可长出白色菌落。待菌落直径有0 . 5 厘米时，选健壮的菌落，再移接于另一试管的斜面培养基上培养。当白色菌丝长满试管时，便得纯菌种。